Cùng với việc điều chỉnh thuế suất thuế nhập khẩu thép hợp kim, thuế suất thuế nhập khẩu thức ăn chăn nuôi, dầu diezen, một số mặt hàng phân bón cũng nằm trong nhóm mặt hàng được điều chỉnh tăng thuế nhập khẩu. Theo đó, tại Thông tư số 76/2009/TT-BTC, ngày 13/04/2009,  Bộ Tài chính đã hướng dẫn việc điều chỉnh mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đối với một số mặt hàng phân bón trong Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi.
Cụ thể, thuế suất thuế nhập khẩu phân khoáng hoặc phân hóa học, có chứa phosphat, loại dùng làm thức ăn chăn nuôi; phân khoáng hoặc phân hoá học có chứa ba nguyên tố là nitơ, phospho, kali, ở dạng viên hoặc các dạng tương tự hoặc đóng trong bao bì, đồng loạt tăng từ 5% lên 6,5%.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký, áp dụng đối với các tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đăng ký với cơ quan Hải quan kể từ ngày 20/04/2009.