Thông tư số 25/2010/TT-BNNPTNT ban hành nhằm kiểm soát có hiệu quả chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm hàng hóa có nguồn gốc động vật nhập khẩu và bảo vệ sức khỏe, quyền lợi người tiêu dùng trong nước. Đồng thời, Thông tư này còn thực hiện Nghị quyết của Chính phủ thúc đẩy xuất khẩu, hạn chế nhập siêu. Tuy nhiên, đối với việc nhập khẩu nguyên liệu để chế biến tái xuất khẩu từ đó tăng thu ngoại tệ từ xuất khẩu, góp phần giảm nhập siêu, thì 2 Thông tư trên lại là trở ngại lớn đối với doanh nghiệp nhập khẩu để chế biến tái xuất.

Ngay khi vừa ban hành, các doanh nghiệp chế biến thủy sản trên cả nước thông qua Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) đã nhiều lần phản ánh, kiến nghị với Bộ NN&PTNT sửa đổi những thủ tục hành chính quy định tại Thông tư số 06/2010 và Thông tư số 25/2010 gây khó khăn, cản trở, ách tắc đối với việc nhập khẩu nguyên liệu thủy sản để chế biến xuất khẩu. Thêm vào đó, ngày 6/8/2010, Tổng cục Hải quan lại có văn bản số 4407/TCHQ-GSQL yêu cầu các Chi cục Hải quan thống nhất thực hiện việc rà soát riêng mặt hàng thủy sản nhập khẩu, yêu cầu phải có đủ 2 giấy chứng nhận kiểm dịch và kiểm tra VSAPTP mới được mang hàng ra khỏi cảng. Những thủ tục này khiến cho doanh nghiệp rất bức xúc vì chi phí tốn kèm, hàng bị tồn đọng khiến hoạt động của doanh nghiệp bị đình trệ.

Trước tình hình đó, ngày 28/8/2010, Chủ tịch kiêm Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần CAFICO Việt Nam (Khánh Hòa) đã gửi văn bản kiến nghị Thủ tướng Chính phủ Không áp dụng Thông tư 06 và Thông tư 25 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đối với sản phẩm thủy sản nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu.