Theo Quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo hoạt động thương mại biên giới với các nước có chung biên giới với Việt Nam, các thành viên Ban Chỉ đạo thuộc các Bộ, ngành chịu trách nhiệm báo cáo tình hình hoạt động thương mại biên giới thuộc Bộ, ngành quản lý, những vấn đề nổi cộm, những vướng mắc khó khăn phát sinh và kiến nghị biện pháp giải quyết. Ban Chỉ đạo cấp tỉnh chịu trách nhiệm báo cáo tình hình hoạt động thương mại trên tuyến biên giới của tỉnh về xuất nhập khẩu chính ngạch, tiểu ngạch và buôn bán của cư dân biên giới qua các cửa khẩu; hoạt động mua bán tại các chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trong Khu kinh tế cửa khẩu; hoạt động thương mại của Khu kinh tế cửa khẩu; việc thực hiện những chính sách đối với thương nhân, hàng hóa và cư dân vùng biên giới của ta và của nước có chung đường biên giới (Trung Quốc, Lào và Campuchia); chống buôn lậu và gian lận thương mại; đề xuất và kiến nghị. Các báo cáo được gửi về Cơ quan Thường trực là Vụ Thương mại miền núi (Bộ Công Thương).

Theo Quy chế chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trong Khu kinh tế cửa khẩu, thương nhân những người được phép kinh doanh tại đây là cá nhân kinh doanh mang quốc tịch Việt Nam và có hộ khẩu thường trú tại khu vực biên giới; thương nhân là doanh nghiệp, hộ kinh doanh Việt Nam đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo quy định của pháp luật Việt Nam; thương nhân là cá nhân kinh doanh có quốc tịch của nước có chung biên giới, có giấy chứng minh thư biên giới, giấy thông hành biên giới, hộ chiếu hoặc giấy tờ có giá trị xuất nhập cảnh khác được cấp theo quy định pháp luật của nước có chung biên giới; thương nhân là doanh nghiệp, hộ kinh doanh nước có chung biên giới đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo quy định pháp luật của nước có chung biên giới. Trước khi kinh doanh tại chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trong khu kinh tế cửa khẩu, thương nhân phải được Cơ quan quản lý chợ chấp thuận ký hợp đồng thuê quầy hàng hoặc sạp hàng, ki-ốt hay cửa hàng tại chợ. Cơ quan cấp Giấy phép kinh doanh tại chợ biên giới, chợ cửa khẩu đối với thương nhân nước có chung biên giới là Sở Công Thương nơi có chợ hoặc cơ quan được Sở Công Thương ủy quyền cấp Giấy phép bằng văn bản. Cơ quan cấp Giấy phép kinh doanh tại chợ trong Khu kinh tế cửa khẩu là Ban Quản lý Khu kinh tế cửa khẩu.

Bộ Công Thương quy định, hàng hóa trao đổi, mua bán tại chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trong Khu kinh tế cửa khẩu phải là hàng được phép lưu thông trên thị trường theo quy định của pháp luật Việt Nam. Thương nhân kinh doanh trong chợ phải chấp hành nghiêm chỉnh các quy định về chính sách thuế hiện hành của Việt Nam như: thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế môn bài và thuế tiêu thụ đặc biệt.