Theo quy định, thuế gián thu chỉ được áp dụng với bốn loại hàng hoá dù được nhập khẩu hoặc sản xuất tại chỗ như rượu, thuốc lá, dầu hydrocacbon và rượu cồn metyla.

Hiện nay, Cục Hải quan và Thuế Gián thu Hồng Kông có 4937 nhân viên. Trong đó, có 9 cấp Cục, 3 855 cán bộ làm công tác quản lý Hải quan và thuế gián thu, 467 là các nhân viên kiểm tra thương mại và 606 người thực hiện các công việc chung. Nhiệm vụ tổng quát của Hải quan Hồng Kông là:

(1)      Lập kế hoạch và điều phối các công việc và dự án để cung cấp những dịch vụ tốt nhất cho cộng đồng;

(2)      Nghiên cứu chiến lược và tư vấn về lập kế hoạch và các hoạt động phát triển; và

(3)      Thu hút và phân phối nguồn lực.

Đứng đầu cơ quan Hải quan và Thuế gián thu Hồng Kông là Cao ủy và một Phó Cao ủy. Cơ cấu tổ chức của cơ quan này bao gồm 5 nhóm đơn vị và được đặt dưới quyền quản lý của một lãnh đạo cấp Cục.

Quan trọng nhất là nhóm Thuế gián thu và hành chính (Nhóm A) chịu trách nhiệm về các vấn đề liên quan đến các nmặt hàng chịu thuế, các quan hệ quốc tế trong lĩnh vực hải quan, và quản lý nhân sự chung cũng như các công tác quản lý hành chính của Cơ quan Thuế và Hải quan Hồng Kông, bao gồm cả lập kế hoạch và quy định về phương tiện, thiết bị và nguồn lực trung ương. Trong nhóm này có các bộ phận như phòng Liên lạc Hải quan, văn phòng quản lý các mặt hàng chịu thuế, văn phòng các dịch vụ quản lý, văn phòng quản lý dịch vụ, văn phòng đào tạo và phát triển.

Nhóm thứ hai là nhóm Biên giới và các cảng (Nhóm B) chịu trách nhiệm về các vấn đề liên quan đến kiểm tra Hải quan và các chức năng tạo thuận lợi tại tất cả các điểm nhập cảnh và xuất cảnh và thực hiện các chính sách liên quan đến những vấn đề này. Trong nhóm B có 4 đơn vị bao gồm Văn phòng kế hoạch và phát triển, Ban chỉ huy sân bay, Ban chỉ huy các điểm kiểm tra và Ban chỉ huy cảng biển.

Tiếp theo là nhóm Thông tin tình báo và điều tra (Nhóm I) chịu trách nhiệm về các vấn đề liên quan đến ma túy, bảo hộ sở hữu trí tuệ và xây dựng chính sách/ chiến lược để tăng cường sử dụng thông tin tình báo, quản lý rủi ro trong quản lý hải quan và các vấn đề kiểm soát hải quan và trấn áp buôn lậu ma túy. tội phạm có tổ chức, kiểm soát các hóa chất độc hại. Các đơn vị thuộc nhóm này gồm phòng điều tra ma túy, phòng tình báo, phòng Điều tra sở hữu trí tuệ, phòng điều tra chung và điều tra thuế và lực lượng đặc nhiệm.

Cuối cùng, nhóm Kiểm tra thương mại có các đơn vị là các phòng hệ thống và điều tra chung, phòng kiểm tra thương mại, phòng điều tra thương mại, phòng kiểm tra chuyển tải và CEPA, và phòng bảo vệ người tiêu dùng và xử lý. Những nhiệm vụ chính của nhóm này là kiểm tra thương mại chiến lược, điều tra các vi phạm các lệnh cấm của Liên Hiệp Quốc, kiểm tra hàng hóa ưu đãi và xử lý khiếu nại thương mại.

Bộ máy giúp việc của Hải quan Hồng Kông gồm văn phòng hành chính Hải quan, Văn phòng tài chính, đơn vị thông tin, văn phòng thông tin công nghệ.

Hồng Kông đang áp dụng Chương trình miễn giảm hàng hoá chuyển tải theo một số điều kiện được quy định bởi Cục Công nghiệp và Thương  mại. Theo đó, các công ty tàu biển, hãng vận tải và các đại lý được chỉ định đăng ký với cơ quan này sẽ không phải hoàn thành các yêu cầu về giấy phép nhập khẩu và xuất khẩu tuỳ theo hình thức hàng chuyển tải. Hải quan Hồng Kông đang xây dựng dự án Tích hợp thông quan thí điểm làm thủ tục tại vùng tiếp giáp với lãnh thổ đại lục. Nội dung chính của dự án là thực hiện khai báo trước hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu qua đường điện tử, xây dựng một nền tảng thông tin hiệu quả, đa mục đích phục vụ trao đổi và quản lý rủi ro. Khi dự án được triển khai, thời gian thông quan sẽ được giảm đáng kể.

Là một thành viên tham gia Công ước Hải quan về Sổ Tạm quản ATA (Công ước Istanbul), Hải quan Hồng Kông áp dụng chế độ Sổ Tạm quản ATA do một số hiệp hội có thẩm quyền của một nước cấp. Hàng hoá nhập khẩu vào Hồng Kông theo chế độ ATA sẽ được tạm chấp nhận vào lãnh thổ mà không phải nộp thuế. Các nhà nhập khẩu và xuất khẩu không phải khai báo nhập khẩu hoặc xuất khẩu trong chế độ hải quan này. Tuy nhiên, Sổ ATA không miễn áp dụng các quy định khác như giấy phép nhập khẩu hoặc xuất khẩu, hạn ngạch. Phòng Thương mại Hồng Kông có thẩm quyền cấp Sổ ATA ở Hồng Kông. Thông thường, hàng cấm ở Hồng Kông khi đưa vào lãnh thổ này mà không được bốc dỡ khỏi phương tiện thì sẽ được miễn giấy phép nhập khẩu hoặc xuất khẩu. Tuy nhiên, đối với một số hàng hoá mang tính chiến lược như vũ khí, vũ khí hạt nhân, vũ khí hoá học thì vẫn phải có giấy phép quá cảnh khi được vận chuyển quá cảnh qua Hồng Kông.

Với mục tiêu tăng cường sự hiểu biết của công chúng đối với cơ quan Hải quan, Hải quan Hồng Kông luôn công khai các quy định về xuất khẩu, nhập khẩu trên các phương tiện thông tin đại chúng nhằm giúp các đối tác có nhiều thuận lợi trong làm thủ tục hải quan và điều đó cũng giúp giảm khối lượng công việc cần xử lý của Hải quan Hồng Kông./