Cụ thể, Tổng cục đã thực hiện hơn 600 cuộc kiểm tra sau thông quan, trong đó có 31 cuộc tiến hành tại trụ sở doanh nghiệp, truy thu hơn 225 tỷ đồng, tổ chức phúc tập 3.021.461 bộ hồ sơ hải quan, đạt tỷ lệ 90,2%. Theo đó, một số địa phương làm tốt công tác phúc tập hồ sơ và có số truy thu lớn như Cục Hải quan thành phố Hà Nội, Cục Hải quan Đồng Nai và Cục Hải quan thành phố Hồ Chí Minh.
Bên cạnh đó vẫn còn một số tồn tại như hoạt động kiểm tra sau thông quan tại một số đơn vị hiện chưa hiệu quả, một số vụ vi phạm còn xử lý chậm. Để khắc phục tình trạng trên, Tổng cục chỉ đạo các đơn vị tiếp tục đào tạo, nâng cao năng lực kiểm tra về giá, mã số, xuất xứ hàng hóa nhập khẩu cho cán bộ làm công tác kiểm tra sau thông quan…