Mục tiêu phát triển của quy hoạch này nhằm đồng bộ, hài hòa toàn bộ mạng lưới chợ toàn quốc, đáp ứng nhu cầu hàng hóa nông sản cho sản xuất, chế biến và nhu cầu tiêu dùng của người dân.

Đồng thời, việc quy hoạch sẽ nhằm thúc đẩy lưu thông hàng hóa, phát triển công nghiệp chế biến, chế tạo và sản xuất nông nghiệp. Các đối tượng nằm trong quy hoạch sẽ tập trung vào chợ đầu mối và chợ hạng I.

Điều đặc biêt, trong bản quy hoạch nêu cụ thể định hướng cho việc cải tạo lại hệ thống chợ đầu mối trong toàn quốc, trọng tâm ở các thành phố lớn như Hà Nội, TPHCM, Đà Nẵng... 

Theo quy hoạch mà Bộ Công thương phê duyệt, sẽ có 14 chợ đầu mối được giữ nguyên, 13 chợ phải xóa bỏ, di dời; 9 chợ nằm trong diện cải tạo, nâng cấp và xây mới 58 chợ đầu mối trên khắp cả nước.

Đáng chú ý, tại Hà Nội, chợ đầu mối Minh Khai (Quận Bắc Từ Liêm) sẽ được giữ nguyên. Trong khi chợ đầu mối phía Nam (quận Hoàng Mai) và chợ đầu mối Long Biên (quận Ba Đình) sẽ bị xóa bỏ. Hà Nội sẽ có 3 chợ đầu mối nông sản được xây mới tại huyện Gia Lâm, huyện Quốc Oai và huyện Phú Xuyên.

Tại TPHCM, chợ đầu mối Thủ Đức, Bình Điền, Hóc Môn được giữ nguyên. Thành phố này không có chợ nào phải xóa bỏ, tuy nhiên cũng không xây thêm.

Tại Đà Nẵng, chợ đầu mối Hòa Cường được giữ nguyên, đồng thời xây mới thêm chợ đầu mối kinh doanh, giết mổ gia súc và kinh doanh nông sản tại xã Hòa Phước, huyện Hòa Vang.

Những chợ đầu mối được xây mới sẽ gần vùng nông sản hàng hóa tập trung, ổn định với quy mô lớn hoặc gần các trung tâm tiêu dùng, ngoại vi các đô thị lớn, gần đầu mối giao thông, không gây tác động tới môi trường.

Về quy mô, diện tích mặt bằng chợ tối thiểu là 8.000m2 đối với chợ cải tạo thành chợ đầu mối và tối thiểu 10.000 m2 đối với chợ đầu mối xây mới.

Về kiến trúc và tổ chức không gian, kiến trúc xây lắp và kết cấu yêu cầu phù hợp với tính chất và công năng của chợ đầu mối bán buôn nông sản thực phẩm; trong đó có đảm bảo phân khu chức năng trọng yếu như khu bán buôn, sản xuất, sơ chế, đóng gói, kho hàng...

Đối với vốn đầu tư để triển khai quy hoạch, một mặt khai thác nguồn vốn theo hướng kết hợp hỗ trợ của nhà nước với các nguồn vốn xã hội hóa.

Mặt khác, quy hoạch cũng đề nghị cho phép được sử dụng nguồn vốn khuyến nông, vốn vay ODA để tạo mặt bằng và đầu tư cơ sở hạ tầng.