Cụ thể, theo Quyết định số 1588/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc (Ban quản lý) được thành lập trên cơ sở tổ chức lại Ban Quản lý đầu tư phát triển đảo Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang (được thành lập theo Quyết định số 42/2007/QĐ-TTg ngày 29/3/2007 của Thủ tướng Chính phủ).

Theo đó, Ban quản lý là cơ quan trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Kiên Giang, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với Khu kinh tế Phú Quốc.

Ban quản lý có nhiệm vụ quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tư trong Khu kinh tế Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang theo quy định của pháp luật.

Ban quản lý thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Luật Đất đai; Luật Đầu tư và các Thông tư, Nghị định liên quan.

Theo quyết định của Thủ tướng, Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá 3 Phó Trưởng ban. Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý, gồm: Văn phòng, các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và đơn vị sự nghiệp.