Về nguyên tắc chung, Cổng thông tin một cửa quốc gia là hệ thống thông tin tích hợp do Cục Hải quan (thuộc Bộ Tài chính) quản lý và vận hành 24/7. Hệ thống đóng vai trò đầu mối tiếp nhận hồ sơ, chứng từ điện tử, xác thực chữ ký số, cấp mã số hồ sơ/số định danh hàng hóa và tự động chuyển dữ liệu đến các hệ thống xử lý chuyên ngành. Việc thực hiện thủ tục qua hệ thống một cửa bảo đảm tính chính xác, minh bạch, bảo mật thông tin và tuân thủ các quy định về an ninh mạng. Toàn bộ quy trình này không làm thay đổi thẩm quyền, điều kiện, hay thời hạn giải quyết thủ tục của các bộ, ngành liên quan theo pháp luật chuyên ngành.

Đối tượng tham gia hệ thống gồm người khai (cá nhân, tổ chức), các cơ quan xử lý thủ tục hành chính (Hải quan, Biên phòng, Kiểm dịch y tế, Cảng vụ, Quản lý vận tải...), tổ chức cung cấp chữ ký số và nhà phát triển phần mềm. Người khai có thể truy cập hệ thống bằng tài khoản đăng ký hoặc tài khoản định danh điện tử VNeID. Chứng từ trong hồ sơ hành chính ưu tiên dạng dữ liệu điện tử có gắn chữ ký số hợp lệ. Trường hợp phát sinh sự cố kỹ thuật hoặc sự kiện bất khả kháng, thủ tục sẽ được chuyển sang thực hiện bằng hồ sơ giấy hoặc trên hệ thống chuyên ngành để đảm bảo thông quan không bị gián đoạn.

Nghị định quy định chi tiết quy trình thủ tục cho từng loại hình phương tiện vận tải và hàng hóa:

Hàng hóa xuất nhập khẩu, quá cảnh: Người khai gửi thông tin khai báo (Bản khai chung hoặc các mẫu chuẩn của bộ/ngành) lên Cổng một cửa. Dữ liệu sau đó được chia sẻ tới các cơ quan chuyên ngành để kiểm tra. Trên cơ sở kết quả xử lý chuyên ngành được trả về Cổng một cửa, cơ quan Hải quan sẽ đưa ra quyết định thông quan. Các bộ, ngành thực hiện quản lý rủi ro và ban hành danh mục hàng hóa chịu sự quản lý chuyên ngành chi tiết theo mã HS.

Tàu bay: Hãng hàng không cung cấp thông tin chuyến bay, danh sách tổ lái, hành khách và dữ liệu đặt chỗ (PNR) qua Cổng một cửa. Các cơ quan chức năng (Công an, Hải quan, Kiểm dịch, Cảng vụ) xử lý và xác nhận hoàn thành thủ tục trong thời hạn không quá 01 giờ kể từ khi nhận đủ hồ sơ.

Tàu thuyền: Người khai thực hiện khai báo các bản khai (hàng hóa, thuyền viên, hành khách, y tế...) theo thời hạn quy định trước khi tàu cập/rời cảng. Thời hạn cấp phép điện tử tối đa là 01 giờ sau khi người khai nộp đủ giấy tờ. Cảng vụ giữ vai trò đầu mối quyết định đối với Bản khai chung, Hải quan đối với bản khai hàng hóa, Biên phòng đối với nhân sự/vũ khí, và Kiểm dịch đối với khai báo y tế.

Phương tiện đường bộ, đường thủy nội địa và tàu hỏa liên vận: Hồ sơ điện tử phải được gửi trước khi phương tiện đến cửa khẩu/ga biên giới (chậm nhất từ 30 phút đến 1 giờ tùy loại hình). Cơ quan xử lý có trách nhiệm hoàn tất thủ tục và phản hồi kết quả trong vòng 01 giờ. Nghị định cũng mở rộng quy định đối với các phương tiện vận tải đặc thù như phương tiện tự động không người lái, băng tải, ống dẫn...

Nghị định số 336/2026/NĐ-CP tạo nền tảng pháp lý đồng bộ, thúc đẩy chuyển đổi số trong quản lý nhà nước tại cửa khẩu, giảm thiểu chi phí và thời gian thông quan cho doanh nghiệp, đồng thời nâng cao hiệu quả phối hợp liên ngành và hội nhập quốc tế.