Về hệ thống căn cứ pháp lý, Thông tư được xây dựng dựa trên nhiều văn bản luật quan trọng như Luật Hải quan số 54/2014/QH13 (được sửa đổi, bổ sung bởi các Luật số 71/2014/QH13, 35/2018/QH14, 07/2022/QH15 và 133/2025/QH15); Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Đấu thầu, Luật Hải quan, Luật Thuế xuất nhập khẩu... số 90/2025/QH15; cùng Luật Quản lý ngoại thương số 05/2017/QH14. Bên cạnh đó, văn bản căn cứ vào hệ thống Nghị định hướng dẫn thi hành như Nghị định số 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 167/2025/NĐ-CP), Nghị định số 31/2018/NĐ-CP về xuất xứ hàng hóa, Nghị định số 86/2025/NĐ-CP về các biện pháp phòng vệ thương mại, Nghị định số 37/2026/NĐ-CP về chất lượng sản phẩm hàng hóa, và Nghị định số 29/2025/NĐ-CP về chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 166/2025/NĐ-CP), trên cơ sở đề nghị của Cục trưởng Cục Hải quan.

Về điều khoản thi hành, Thông tư số 124/2026/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 22 tháng 8 năm 2026. Trong quá trình thực hiện, nếu các văn bản pháp luật được viện dẫn làm căn cứ trong Thông tư này có sự sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì sẽ áp dụng theo các văn bản mới tương ứng. Văn bản được gửi đến các cơ quan lãnh đạo Đảng, Quốc hội, Chính phủ, các Bộ, ngành, địa phương, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI), các Chi cục Hải quan khu vực cũng như đăng tải trên Công báo và Cổng thông tin điện tử của Chính phủ, Bộ Tài chính và Cục Hải quan.