Trong đó quy định người Việt Nam ở nước ngoài bị trục xuất bằng văn bản của cơ quan có thẩm quyền nước sở tại nhưng không có hộ chiếu sẽ được miễn lệ phí cấp hộ chiếu. Ngoài ra, Thông tư cũng quy định một số đối tượng khác được miễn phí, lệ phí như khách mời của Đảng, Nhà nước, Chính phủ; viên chức, nhân viên của các cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự nước ngoài, cơ quan đại diện tổ chức quốc tế tại Việt Nam và gia đình; người nước ngoài vào Việt Nam thực hiện công tác cứu trợ, giúp đỡ nhân đạo…

Lệ phí cấp hộ chiếu (bao gồm cả hộ chiếu gắn chíp điện tử và hộ chiếu không gắn chíp điện tử) là 200.000 đồng/lần nếu cấp mới, 400.000 đồng/lần nếu cấp lại do hỏng hoặc mất, 100.000 đồng/lần nếu cấp Giấy xác nhận yếu tố nhân sự. Lệ phí cấp Giấy phép xuất cảnh là 200.000 đồng/lần, cấp Công hàm xin thị thực là 10.000 đồng/lần; cấp mới thẻ ABTC của thương nhân APEC là 1,2 triệu đồng/lần, cấp lại là 1 triệu đồng/lần và lệ phí cấp tem AB là 50.000 đồng/lần.