Thông thường, nhà nhập khẩu Trung Quốc (đại lý, hãng phân phối, đối tác liên doanh) tiến hành thu thập những chứng từ cần thiết liên quan đến việc nhập khẩu hàng hoá và xuất trình cho cơ quan Hải quan Trung Quốc. Chứng từ cần thiết cho mỗi loại hàng sẽ khác nhau, nhưng đều phải có những chứng từ bắt buộc sau:

Vận đơn; Hoá đơn; Bảng kê giao hàng; Tờ khai hải quan; Chứng nhận bảo hiểm và Hợp đồng;

Những mặt hàng đặc biệt sẽ yêu cầu thêm các chứng từ sau:

Hạn ngạch nhập khẩu; Giấy phép nhập khẩu; Chứng nhận giám định do Cơ quan Kiểm tra chất lượng, giám định và kiểm dịch Trung Quốc hoặc Chi nhánh tại địa phương cấp và Giấy chứng nhận chất lượng hoặc Giấy chứng nhận an toàn sản phẩm khác...

Những mặt hàng cấm nhập khẩu vào Trung Quốc gồm:

- Tiền giả và các loại chứng khoán giả;

- Ấn phẩm, phim ảnh, những phương tiện truyền thông tác động xấu đến tình hình chính trị, kinh tế, văn hoá và những giá trị đạo đức của Trung Quốc;- Thuốc độc gây chết người;

- Chất gây nghiện;

- Động thực vật gây bệnh;

- Thực phẩm, dược phẩm và những hàng hoá khác đến từ những khu vực đang bị dịch bệnh;

- Quần áo cũ/đã qua sử dụng;

- Đồng nhân dân tệ RMB.

- Thực phẩm có chứa một số loại phẩm màu và các chất phụ gia có hại cho sức khoẻ con người do Bộ Y tế công bố.

Hải quan Trung Quốc đánh thuế và thu thuế xuất nhập khẩu. Thuế suất hàng nhập khẩu được chia làm 3 loại: Thuế suất phổ thông; Thuế suất MFN (Thuế suất tối huệ quốc); và Thuế suất theo Hiệp định Bangkok. Năm Đặc khu kinh tế, những Thành phố mở và các Khu thương mại nước ngoài trong thành phố được hưởng ưu đãi giảm thuế hoặc miễn thuế. Các công ty hoạt động kinh doanh trong những khu vực này nên tham khảo thêm các qui định có liên quan.

Trung Quốc có thể áp dụng thuế suất thấp hơn so với thuế suất MFN đối với hàng hoá được Chính phủ xem là cần thiết cho sự phát triển của những ngành công nghiệp then chốt. Ví dụ như, Tổng cục Hải quan Trung Quốc đã công bố mức thuế suất ưu đãi đối với những mặt hàng có lợi cho ngành kinh tế then chốn, cụ thể: ngành công nghiệp ô tô, thép và hoá chất. Trước đây, các công ty nước ngoài đã được hưởng ưu đãi từ chính sách thu hút đầu tư nước ngoài vào những lĩnh vực then chốt như công nghệ cao. Cụ thể, các công ty đầu tư nước ngoài sản xuất một số loại hàng công nghệ cao, hoặc đầu tư sản xuất để xuất khẩu thì không phải nộp thuế đối với thiết bị máy móc nhập khẩu phục vụ sản xuất.

Giá tính thuế đối với hàng nhập khẩu là giá CIF, bao gồm giá giao dịch thông thường của hàng hoá, cộng chi phí đóng gói, cước vận chuyển, phí bảo hiểm, và tiền hoa hồng của người bán. Trước khi gia nhập WTO, Trung Quốc đã áp dụng một số qui định mới về trị giá tính thuế. Theo những qui định này, Hải quan Trung Quốc đã ấn định giá tính thuế cho tất cả hàng nhập khẩu theo thị trường. Để thực hiện công việc này, nhân viên hải quan phải truy cập vào hệ thống dữ liệu về giá trị hàng nhập khẩu, đưa ra bảng kê trị giá tương ứng cho từng mặt hàng nhập khẩu, trên cơ sở giá thị trường quốc tế, giá thị trường nước ngoài và giá nội địa. Nhân viên hải quan kiểm tra giá trị do nhà nhập khẩu kê khai so với bảng kê này. Thông thường, nhân viên hải quan chấp nhận giá nhà nhập khẩu kê khai. Tuy nhiên, nếu giá trị kê khai chênh lệch quá lớn so với bảng giá qui định, thì nhân viên hải quan sẽ tự ước tính giá trị của hàng hoá dựa trên phương pháp ghi trong mục 7 của Các biện pháp xác định trị giá hải quan cho hàng xuất nhập khẩu của Trung Quốc.

Hải quan Trung Quốc chỉ sử dụng hệ thống biểu thuế hài hoà 8 chữ số chứ không dùng mã chi tiết hơn 10 chữ số. Nhân viên Hải quan rất thận trọng khi phân loại hàng nhập khẩu vào từng nhóm hàng chung trong biểu thuế.

Trong số các loại thuế thông thường,các doanh nghiệp trong và ngoài nước đều phải nộp thuế VAT và thuế kinh doanh. Thuế VAT đánh vào việc bán, nhập khẩu hàng hoá và cung cấp các dịch vụ chế biến , sửa chữa và thay thế. Thuế kinh doanh đánh vào người cung cấp dịch vụ, chuyển nhượng hàng hoá vô hình và/hoặc buôn bán bất động sản trong lãnh thổ Trung Quốc. Thuế VAT được đánh trên trị giá tính thuế cộng với số các khoản thuế phải nộp trước. Hiện nay Trung Quốc đang bị ràng buộc bởi các quy tắc của WTO về việc đánh thuế đồng nhất cho hàng nhập khẩu và hàng nội địa. Người nhập khẩu phải nộp thuế VAT ngay tại biên giới Trung Quốc.

Trung Quốc áp dụng nhiều mức thuế suất ưu đãi. Mức thuế VAT thông thường là 17%, tuy nhiên đối với những mặt hàng thiết yếu như nông sản, nhiên liệu và các mặt hàng thiết yếu khác được áp dụng mức thuế suất 13%. Các doanh nghiệp nhỏ (các công ty chủ yếu sản xuất hàng hoá hoặc cung cấp dịch vụ có doanh thu bán hàng chịu thuế trung bình năm dưới 1 triệu NDT hoặc chuyên bán sỉ và lẻ hàng hoá có doanh số bán hàng trung bình năm dưới 1,8 triệu NDT) phải chịu thuế VAT ở mức 4% hoặc 6% phụ thuộc vào đặc tính của ngành kinh doanh. Khác với các chủ thể nộp thuế VAT khác, các công ty nhỏ không được phép nợ thuế VAT đầu vào. Một số loại hàng nhất định được miễn nộp thuế VAT. Tương tự, nhiều công ty đầu tư nước ngoài được hưởng ưu đãi miễn thuế nếu hàng sản xuất ra được xuất khẩu đi.

Trung Quốc dự đinh huỷ bỏ từng bước việc đánh thuế thu nhập hai lần đối với các doanh nghiệp trong và ngoài nước. Hiện nay, các doanh nghiệp trong nước đang ganh tị với các công ty có vốn đầu tư nước ngoài được hưởng mức thuế thấp và các ưu đãi thuế khác. Việc chuyển sang áp dụng đối xử quốc gia với các công ty có vốn nước ngoài đồng nghĩa với việc dần dần loại bỏ những mức thuế ưu đãi đặc biệt mà họ được hưởng. Tuy nhiên, trong một vài trường hợp các cơ quan chức năng Trung Quốc vẫn cam kết sẽ dành cho các công ty có vốn đầu tư nước ngoài mức thuế ưu đãi ít nhất là trong một khoảng thời gian nhất định.

Thuế xuất nhập khẩu và các loại thuế khác là một hệ thống phức tạp và thường xuyên thay đổi. Quan hệ giữa các chính phủ cũng có vai trò quan trọng trong những thoả thuận về thuế. Cũng giống như nhiều nước khác, Trung Quốc áp dụng đối với mỗi nước một biểu thuế khác nhau. Cơ sở để xây dựng biểu thuế khác nhau là:

- Nước xuất xứ;

- Sản phẩm làm ra;

- Những mẫu mã khác nhau của sản phẩm;

- Trình độ công nghệ của sản phẩm;

- Mục đích bảo hộ các nhà sản xuất trong nước;

- Nhu cầu trao đổi với nước ngoài;

- Những nhu cầu đặc biệt của Chính phủ (ví dụ: nhằm nâng cấp cơ sở hạ tầng).

Nếu công ty nước ngoài có thắc mắc về việc phân loại hay cách tính trị giá tính thuế cho một loại hàng cụ thể của Hải quan, thì trước tiên nên yêu cầu cơ quan hải quan khu vực tại cảng đến xem xét lại. Nếu sau khi hải quan khu vực xem xét không đưa đến một kết quả như mong muốn, công ty đó có thể khiếu nại lên trụ sở Tổng cục Hải quan ở Bắc Kinh. Trong trường hợp đơn khiếu nại bị bác, công ty đó có thể dùng biện pháp cuối cùng là nhờ tới hệ thống luật pháp Trung Quốc.

Những vấn để phát sinh tại cảng nhập khẩu phần lớn là do việc nhẫm lẫn trong phân loại hàng nhập khẩu hoặc do nhân viên giám định hải quan địa phương thiếu những hiểu biết về các chính sách và qui định của Hải quan. Nếu do những nguyên nhân này thì vụ việc thường được đưa ra xem xét giải quyết tại Tổng cục Hải quan và quá trình này có thể kéo dài vài tháng. Trong trường hợp liên quan đến công ty do nước ngoài đầu tư ở Trung Quốc, có thể Bộ Thương mại (trước đây là MOFTEC) sẽ trực tiếp đứng ra giải quyết.