Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, đối với việc sử dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử, Điều 33 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP quy định rõ, tổ chức khấu trừ khi sử dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử không bắt buộc phải đăng ký, thông báo, chuyển dữ liệu điện tử đến cơ quan Thuế, tổ chức khấu trừ tự xây dựng hệ thống phần mềm để sử dụng chứng từ điện tử.
Hiện nay, Tổng cục Thuế đang trong quá trình xây dựng định dạng chuẩn dữ liệu của biên lai điện tử và quy trình thực hiện. Do đó, trong thời gian chưa kịp triển khai chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử, tổ chức, doanh nghiệp có thể sử dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân theo hình thức tự phát hành.
Tổng cục Thuế yêu cầu, từ ngày 1/7/2022, cơ quan Thuế không bán chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân; đối với trường hợp đang còn tồn chứng từ khấu trừ mua của cơ quan thuế thì được tiếp tục sử dụng.
Tổng cục Thuế cũng cho biết, hiện nay, Hệ thống hóa đơn điện tử đã đáp ứng nhu cầu tra cứu hóa đơn điện tử trên Cổng điện tử và qua app (tra cứu được đầy đủ nội dung hóa đơn), về việc chia sẻ cơ sở dữ liệu cho các cơ quan liên quan. Tổng cục Thuế cũng đã có Công văn số 1737/TCT-QLRR ngày 23/5/2022 về việc hướng dẫn Cơ quan thuế các cấp ký kết Quy chế mẫu về trao đổi thông tin hóa đơn điện tử.
Tại các văn bản trên, Tổng cục Thuế đã có hướng dẫn chi tiết cơ quan thuế các cấp làm việc, trao đổi với các cơ quan quản lý hành chính nhà nước tại địa phương như cơ quan quản lý thị trường, cơ quan công an hay các cơ quan có hoạt động tố tụng, điều tra để ký kết Quy chế này.
Đối với nội dung trao đổi thông tin sẽ được cơ quan Thuế các cấp ký kết trên cơ sở yêu cầu quản lý nhà nước và thực hiện thủ tục hành chính cụ thể của từng cơ quan, tổ chức bên ngoài. Đồng thời, để kịp thời đáp ứng yêu cầu về trao đổi thông tin, Tổng cục Thuế (Ban Quản lý rủi ro và Cục Công nghệ Thông tin) đang khẩn trương hoàn thành tài liệu yêu cầu nghiệp vụ để xây dựng ứng dụng đáp ứng nhu cầu cung cấp thông tin theo Quy chế.
Trường hợp cơ quan Thuế các cấp nhận được đề nghị cung cấp thông tin từ cơ quan quản lý nhà nước khác tại địa phương có đề nghị thì trao đổi với Tổng cục Thuế (Ban Quản lý rủi ro) để hướng dẫn thêm.