Thông tư gồm có 9 Điều và các bản phụ lục về mức thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện quá cảnh; trong đó bổ sung thêm đối tượng nộp phí hải quan là: Tổ chức, cá nhân đề nghị cấp sổ tạm quản (sổ ATA) đối với hàng hóa tạm xuất tái nhập theo Nghị định số 64/2020/NĐ-CP ngày 10/6/2020 của Chính phủ hướng dẫn việc thực hiện cơ chế tạm quản theo Công ước Istanbul; bổ sung quy định mức thu phí hải quan cấp sổ ATA và phí hải quan cấp lại sổ ATA như sau: Phí hải quan cấp sổ ATA, mức thu 1.000.000đ/sổ; Phí hải quan cấp lại sổ ATA, mức thu 500.000đ/sổ.

Phí Hải quan kiểm tra giám sát, hoặc tạm dừng làm thủ tục Hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có yêu cầu bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, mức thu 200.000 đồng/01 đơn; Lệ phí đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường thủy (gồm: tàu, ca nô, xà lan) là 500.000 đồng/phương tiện…

Điều 3 quy định các trường hợp được miễn thu phí, lệ phí trong các trường hợp sau:

-Hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, cá nhân… (được miễn thuế trong định mức theo quy định); quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người; hàng bưu phẩm, bưu kiện được miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật hiện hành.

-Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh có trị giá từ 1 triệu đồng Việt Nam trở xuống hoặc có số tiền thuế (các khoản thuế theo quy định) phải nộp dưới 100.000 đồng Việt Nam.

-Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có trị giá hải quan dưới 500.000 đồng hoặc có tổng số tiền thuế (các khoản thuế theo quy định) phải nộp dưới mức 50.000 đồng cho một lần xuất khẩu, nhập khẩu.

-Hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới trong định mức theo quy định.

-Phương tiện vận tải thường xuyên qua lại biên giới được quản lý theo phương thức mở sổ theo dõi, không quản lý bằng tờ khai.

-Hàng hóa, phương tiện quá cảnh được miễn phí, lệ phí theo quy định tại các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên hoặc cam kết của Chính phủ Việt Nam.

Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 5/4/2021 và thay thế Thông tư số 274/2016/TT-BTC quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh.