Quyền tự chủ của tổ chức khoa học và công nghệ công lập bao gồm quyền tự chủ về tài chính, thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, nhân sự, quản lý và sử dụng tài sản.
Tổ chức khoa học và công nghệ công lập sử dụng ngân sách nhà nước có các loại nhiệm vụ về khoa học và công nghệ; nhiệm vụ thường xuyên theo chức năng; dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước; và nhiệm vụ khác theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền. Trong đó, nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước do cơ quan có thẩm quyền tuyển chọn, giao cho tổ chức khoa học và công nghệ công lập thực hiện theo quy định hiện hành.
Tổ chức khoa học và công nghệ công lập được hưởng chính sách ưu đãi về thuế, về tín dụng và các ưu đãi khác theo quy định. Theo đó, được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm và được miễn thuế tối đa không quá bốn năm đồng thời giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá chín năm tiếp theo.
Về quyền tự chủ của tổ chức khoa học và công nghệ công lập, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc quy định quyền tự chủ về tài chính, tự chủ về thực hiện nhiệm vụ, tự chủ về tổ chức bộ máy và tự chủ về nhân sự, tổ chức về quản lý, sử dụng tài sản.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 8 năm 2016 và thay thế các Nghị định số 115/2005/NĐ-CP, điều 1 Nghị định số 96/2010/NĐ-CP và Nghị định số 80/2007/NĐ-CP.