Các giao dịch điện tử bao gồm: Khai, nhận, phản hồi thông tin về xử lý hồ sơ để thực hiện thủ tục hành chính một cửa trên Cổng thông tin một cửa quốc gia; Tiếp nhận và chuyển thông tin khai tới các cơ quan xử lý, nhận kết quả xử lý từ cơ quan xử lý, trao đổi thông tin giữa các cơ quan xử lý thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.
Theo đó, hồ sơ thực hiện thủ tục hành chính một cửa gồm: Đăng ký kiểm tra nhà nước về chất lượng hàng hóa nhập khẩu; Tờ khai hàng hóa nhập khẩu; Hóa đơn; Kết quả đánh giá sự phù hợp (Giấy chứng nhận hợp quy hoặc Chứng thư giám định; Hợp đồng (đối với hàng hóa là sản phẩm thép cốt bê tông); Danh mục hàng hóa; Kết quả xử lý của cơ quan xử lý.
Đăng ký kiểm tra nhà nước về chất lượng hàng hóa nhập khẩu được nộp dưới hình thức chứng từ điện tử và các giấy tờ còn lại khi nộp phải chuyển đổi từ chứng từ giấy sang chứng từ điện tử (trừ Kết quả xử lý của cơ quan xử lý).
Trong thông tư hai Bộ trưởng đã quy định cụ thể về cổng thông tin một cửa quốc gia. Theo đó nguyên tắc hoạt động của Cổng thông tin này là phải tuân thủ các quy định của pháp luật chuyên ngành, pháp luật về bảo vệ bí mật nhà nước, bảo vệ bí mật thương mại, bí mật kinh doanh đối với các giao dịch điện tử được thực hiện trên Cổng thông tin một cửa quốc gia. Đồng thời phải đảm bảo tính chính xác, khách quan, đầy đủ và kịp thời của các giao dịch điện tử được thực hiện trên Cổng thông tin một cửa quốc gia.
Trong thông tư cũng nêu rõ quy trình khai, tiếp nhận, trao đổi và phản hồi thông tin trên Cổng thông tin một cửa quốc gia và cơ chế phối hợp cũng như trao đổi thông tin thực hiện các thủ tục hành chính một cửa.