Theo Khoản 2, Khoản 3, Điều 25, Mục 4, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc quy định, đối với hành vi đăng ký thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, Giấy chứng nhận đăng ký địa điểm kinh doanh quá thời hạn quy định từ 31 - 90 ngày sẽ bị phạt tiền từ 5 – 10 triệu đồng. Còn nếu quá thời hạn quy định từ 91 ngày trở lên thì sẽ phạt từ 10 – 15 triệu đồng. Đồng thời, buộc phải đăng ký thay đổi các nội dung Giấy chứng nhận doanh nghiệp theo quy định đối với các hành vi vi phạm nêu trên.

Ngoài ra, còn có các hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực đăng ký kinh doanh đối với doanh nghiệp, hộ kinh doanh, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã là:

Vi phạm quy định về kê khai hồ sơ đăng ký doanh nghiệp; Quy định về thời hạn đăng ký thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp; Quy định về công bố nội dung đăng ký doanh nghiệp; Quy định về công bố thông tin của doanh nghiệp nhà nước; Quy định về thành lập doanh nghiệp; Quy định về đăng ký người thành lập doanh nghiệp; Quy định về chế độ báo cáo và thực hiện yêu cầu của cơ quan đăng ký kinh doanh; Quy định về việc thông báo thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp; Vi phạm các nghĩa vụ thông báo khác; Quy định về người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp; Vi phạm khác liên quan đến tổ chức, quản lý doanh nghiệp; Quy định về Ban kiểm soát; Quy định về giải thể doanh nghiệp; Quy định về thành lập, chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của doanh nghiệp; Quy định về doanh nghiệp tư nhân; Quy định đối với doanh nghiệp được tổ chức theo mô hình công ty mẹ, công ty con; Quy định đối với doanh nghiệp xã hội; Quy định về đăng ký kinh doanh của hộ kinh doanh; Vi phạm về việc tạm ngừng kinh doanh của hộ kinh doanh; Quy định về đăng ký thay đổi nội dung đăng ký hộ kinh doanh và thực hiện yêu cầu của cơ quan đăng ký kinh doanh cấp huyện; Quy định về việc chấm dứt hoạt động của hộ kinh doanh; Quy định về đăng ký kinh doanh của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã; Quy định về góp vốn và đăng ký vốn góp, về thay đổi nội dung đăng ký, về cung cấp thông tin, về tổ chức lại, về đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã.

Đối với mỗi hành vi vi phạm trên đều có các mức phạt và biện pháp khắc phục hậu quả riêng.