Theo cam kết, ngay sau khi Hiệp định có hiệu lực, mức thuế xuất khẩu bình quân hiện hành (MFN) của hàng hóa VN vào thị trường Nhật Bản sẽ từ 5,05% xuống còn 2,8% vào năm 2019. Theo đó, Nhật Bản cam kết tự do hóa 94,53% kim ngạch thương mại trong vòng 10 năm. 2.586 dòng thuế (chiếm 28% biểu cam kết gồm 9.390 dòng) lập tức sẽ được Nhật Bản cắt giảm bằng 0% sau khi VJEPA có hiệu lực. Sau 10 năm thực hiện (năm 2019), sẽ có thêm 3.717 mặt hàng sẽ xóa bỏ hoàn toàn thuế quan, nâng tổng số của cả biểu được xóa bỏ lên 6.302 mặt hàng, chiếm 67% số dòng của biểu thuế cam kết.

Về phía VN, mức thuế bình quân hiện hành - MFN của hàng hóa Nhật Bản vào VN là trên 14%, chúng ta sẽ phải giảm xuống còn 7% sau 10 năm thực hiện cam kết. Dù mức giảm thuế cuối cùng của Nhật Bản thấp hơn của VN, nhưng mức giảm thuế của VN sẽ nhanh hơn rất nhiều so với đối tác. Ngay sau khi VJEPA có hiệu lực, VN sẽ cắt giảm hơn 8.873 dòng thuế cho đến cuối lộ trình (năm 2025), chiếm khoảng 96% tổng số dòng thuế đưa vào cắt giảm. Theo tính toán của ông Phan Thế Ruệ - nguyên Thứ trưởng Bộ Thương mại kiêm Trưởng đoàn đàm phán VJEPA, cam kết của Nhật dành cho VN trong VJEPA thì mức giảm thuế cao hơn nhiều so với cam kết mà Nhật Bản dành cho các nước ASEAN trong Hiệp định đối tác kinh tế toàn diện ASEAN – Nhật Bản.

Ông Lê Triệu Dũng, Vụ Chính sách Thương mại Đa Biên Bộ Công thương cho rằng, ngoài những lợi ích mà hai nước dành cho nhau trong việc cắt giảm thuế quan đối với các mặt hàng, xét tổng thể từ Hiệp định này hàng nông sản của VN sẽ có nhiều lợi thế hơn khi xuất khẩu vào Nhật. Với việc cam kết loại bỏ thuế cho 83,8% giá trị thương mại nông sản của VN trong vòng 10 năm, đây là mức cam kết cao nhất trong số các cam kết mà Nhật Bản đã dành cho các nước ASEAN. Trong số đó, có 24 dòng thuế Nhật Bản cam kết mức thuế tốt nhất cho VN gồm mật ong, gừng, tỏi, vải, sầu riêng, tôm, cua, ghẹ… Cũng theo cam kết, sẽ có 23 trong tổng số 30 mặt hàng nông lâm thủy sản có giá trị xuất khẩu cao nhất của VN sang Nhật sẽ được hưởng thuế suất 0% ngay lập tức hoặc qua lộ trình 10 năm.

Cụ thể, đối với mật ong, Nhật Bản dành cho VN hạn ngạch 100 tấn/năm, mỗi năm tăng dần lên 50 tấn, thuế suất trong hạn ngạch là 12,8%; sầu riêng thuế suất bằng 0%; sẽ xóa bỏ dần thuế quan đối với hạt tiêu, ngô ngọt trong vòng 5-7 năm; cà phê và chè thuế suất giảm dần còn 0% trong vòng 15 năm tới; một số loại hoa quả chế biến thuế suất còn 0%. Đối với một số mặt hàng thủy sản như tôm, thuế suất còn 0% ngay khi hiệp định có hiệu lực; mực và bạch tuộc còn 0% sau 5 năm… Riêng đối với mặt hàng hoa quả tươi như thanh long, phía Nhật đang tiến hành dỡ bỏ lệnh cấm nhập khẩu thanh long VN vào Nhật. Đây là cơ hội để loại trái cây này thâm nhập thị trường Nhật trong thời gian tới. Ngoài ra, Nhật cũng có nhu cầu rất lớn trong việc nhập khẩu thịt heo, thực phẩm chế biến và tươi sống; rau quả tươi; hàng cơ khí, nhựa gia dụng…

Đối với hàng công nghiệp, 90% giá trị thương mại không chịu thuế ngay sau khi hiệp định có hiệu lực; 97% giá trị thương mại chịu thuế từ 0-5%, trong khi đó tại hầu hết các nước trong khu vực như Malaysia, Thái Lan, Nhật Bản chỉ dành khoảng 90% giá trị thương mại được chịu mức thuế này.

Hiệp định Đối tác Kinh tế Việt – Nhật ký kết và có hiệu lực  sẽ tạo bước ngoặt lớn cho DN của cả 2 nước. Với các DN VN thì khi xuất khẩu vào Nhật, hàng hóa của VN sẽ không bị phân biệt đối xử. Đây là một lợi thế rất lớn vì Nhật đang là thị trường xuất khẩu trọng điểm của VN. Hiện nay tỷ lệ xuất siêu mỗi năm của VN sang Nhật Bản lên tới khoảng 350 triệu USD. Cửa đã mở, thuế sẽ giảm nhưng hàng hóa VN có tăng sức cạnh tranh hay không, lại phụ thuộc rất nhiều yếu tố. Đây chính là bài toán của hoạt động xúc tiến thương mại trong thời kỳ mới.