Mặc dù ngành thuỷ sản luôn đạt kim ngạch xuất khẩu lớn nhưng theo Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam (VASEP), những rào cản kỹ thuật, rào cản môi trường và vệ sinh an toàn thực phẩm (VSATTP) từ các thị trường Mỹ, Nhật Bản, Nga...đã làm cho các doanh nghiệp (DN) gánh chịu những thiệt hại nặng nề về tài chính và uy tín. Nguyên nhân chính gây nên tình trạng trên là do khâu sản xuất, chế biến nguyên liệu chưa được kiểm soát hữu hiệu. Rào cản kỹ thuật từ các nước nhập khẩu luôn là mối lo ngại và là vấn đề cấp bách cho các DN hoạt động trong lĩnh vực chế biến, xuất khẩu thuỷ sản. Để ngành thuỷ sản  tiếp tục phát triển, hướng tới mục tiêu vào nă 2010, giá trị kim ngạch xuất khẩu thuỷ sản đạt từ 4- 4,5 tỷ USD, đạt tốc độ tăng trưởng bình quân trên 9%/năm, phấn đấu đến năm 2020 trình độ công nghệ chế biến thuỷ sản xuất khẩu của Việt Nam ngang tầm với các nước trong khu vực và thế giới.

 

Vấn đề VSATTP là một trong những giải pháp chủ yếu. Theo đó, đẩy mạnh công tác tổ chức lại sản xuất, tổ chức lại các vùng nuôi trồng thuỷ sản tập trung theo hướng liên kết sản xuất với các nhà khoa học- nhà quản lý để tạo ra những sản phẩm đạt chất lượng cao, đảm bảo tiêu chuẩn an toàn vệ sinh; xây dựng và thực hiện tốt các chương trình phát trỉên các sản phẩm chủ lực và các sản phẩm mới có tiềm năng; Áp dụng các công nghệ tiên tiến vào khâu bảo quản; Tiếp tục nâng cấp điều kiện sản xuất, áp dụng hệ thống quản lý đảm bảo VSATTP theo HACCP, GMP, SSOP, đảm bảo 100% DN chế biến xuất khẩu đạt tiêu chuẩn ngành về an toàn thực phẩm; Tiếp tục đầu tư chiều sâu, đổi mới công nghệ, thu hút đầu tư nước ngoài vào ngành công nghệ chế biến để tiếp cận với nền công nghiệp chế biến hiện đại của thế giới. Đồng thời, tăng cường công tác thông tin, tuyên truyền và giáo dục về VSATTP tại cộng đồng những người sản xuất và cung ứng nguyên liệu; xây dựng hệ thống truy xuất nguồn gốc sản phẩm, hỗ trợ các DN chế biến tăng cường năng lực kiểm soát và phát hiện dư lượng kháng sinh, hoá chất trong nguyên liệu; tăng cường hoạt động liên ngành trong công tác bảo đảm VSATTP.