Nguyên nhân chính dẫn đến sự giảm sút này được nhiều chuyên gia ngành thuỷ sản đưa ra là do khủng hoảng tài chính và suy giảm kinh tế thế giới nên những khó khăn về tín dụng, tỷ giá hối đoái, nhu cầu tiêu dùng sẽ tác động mạnh đến thương mại thủy sản năm 2009. Đặc biệt, các thị trường truyền thống của thủy sản Việt Nam là EU, Mỹ, Nhật Bản có khả năng giảm nhiều nhất, khoảng 15 - 20%. Nhiều nhà nhập khẩu bị ngân hàng siết tín dụng nên không có khả năng thanh toán để nhập những đơn hàng mới.

Không những thế, hai mặt hàng chủ lực của ngành thủy sản Việt Nam là tôm và cá tra cũng sẽ bị ảnh hưởng nặng nhất. Mới đây, thị trường Nga đã áp dụng việc kiểm soát chặt chẽ an toàn thực phẩm đối với hàng thuỷ sản nhập khẩu. Ngoài ra, mặt hàng tôm hiện chiếm khoảng 40% kim ngạch xuất khẩu thủy sản của Việt Nam nhưng lại đang phải cạnh tranh quyết liệt với sự giảm giá của nhiều loại tôm khác trên thị trường.

Để đạt được mục tiêu xuất khẩu thuỷ sản trong năm 2009, lãnh đạo Bộ NN&PTNT yêu cầu các địa phương tích cực hỗ trợ các doanh nghiệp triển khai các hoạt động mở rộng thị trường; theo dõi sát diễn biến thị trường và đề xuất giải pháp xử lý kịp thời những vướng mắc phát sinh để thúc đẩy sản xuất và tiêu thụ sản phẩm thuỷ sản có hiệu quả. Bên cạnh đó, Bộ cũng yêu cầu các doanh nghiệp, hiệp hội tổ chức các hoạt động xúc tiến thương mại trong nước và quốc tế, tăng cường quản lý chất lượng nông sản hàng hoá, hướng dẫn các doanh nghiệp đăng ký và bảo vệ thương hiệu hàng hóa.