Thông tư này sẽ được áp dụng đối với việc xuất nhập khẩu hàng hoá qua các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới nằm ngoài các Khu kinh tế cửa khẩu nhưng hiện đã có đủ các lực lượng Hải quan, Biên phòng, Kiểm dịch và cơ sở kỹ thuật bảo đảm quản lý nhà nước. Đối với các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới nằm ngoài các Khu kinh tế cửa khẩu chưa có đủ lực lượng chức năng nêu trên, chỉ cho phép hoạt động mua bán, trao đổi hàng hoá của cư dân biên giới theo quy định hiện hành.

Hàng hoá xuất khẩu hợp pháp theo quy định hiện hành được xuất khẩu qua các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới nằm ngoài các Khu kinh tế cửa khẩu. Riêng đối với hàng hoá là tài nguyên, khoáng sản, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh biên giới có cửa khẩu phụ, lối mở nằm ngoài các Khu kinh tế cửa khẩu đã có đủ các lực lượng Hải quan, Biên phòng, Kiểm dịch và cơ sở kỹ thuật bảo đảm quản lý nhà nước quyết định cho phép xuất khẩu trên cơ sở có sự đồng ý bằng văn bản của Bộ Công Thương.

Các mặt hàng nhập khẩu qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới nằm ngoài các Khu kinh tế cửa khẩu phải là hàng nguyên, nhiên vật liệu, vật tư phụ vụ sản xuất trong nước bao gồm: Bột mỳ, khoáng sản, vật liệu nổ công nghiệp, cao su và các sản phẩm từ cao su, gỗ các loại, nhựa nguyên liệu, nguyên, phụ liệu dệt, may, da, sắn và ngô các loại; hạt điều thô, đậu tương, nguyên liệu chế biến thức ăn chăn nuôi, vật liệu quý hiếm, kim loại và phế liệu kim loại và phải được Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh có cửa khẩu phụ, lối mở biên giới quyết định cho phép nhập khẩu.

Ngoài ra, những mặt hàng là nguyên, nhiên vật liệu, vật tư phục vụ sản xuất trong nước khác như: Nguyên liệu lá thuốc lá, hoá chất công nghiệp, than mỡ và than cốc, phân bón các loại cũng được nhập khẩu qua cửa khẩu phụ, lối mở nếu được Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh có cửa khẩu phụ, lối mở biên giới quyết định cho phép nhập khẩu trên cơ sở có sự đồng ý bằng văn bản của Bộ Công Thương.

Bộ Công Thương cho biết, Uỷ ban nhân dân các tỉnh có biên giới lập danh mục các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới quy định tại thông tư này, thông báo cho Bộ Công Thương đồng thời thông báo công khai cho doanh nghiệp và các cơ quan hữu quan biết các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới được phép xuất nhập khẩu hàng hoá.

Các cơ quan quản lý nhà nước về Hải quan, Biên phòng, Kiểm dịch thực hiện chức năng quản lý, kiểm tra, kiểm soát, làm các thủ tục xuất hoặc nhập khẩu qua các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới theo quy định. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 21/07/2009.