Hồ sơ, thủ tục hoàn thuế đối với các trường hợp thuộc đối tưonựg hoàn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 59/2007/TT-BTC  ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính. Riêng tờ khai hải quan hàng hoá XNK và chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế được thực hiện như sau:

Về tờ khai hải quan hàng hoá XNK: người nộp thuế nộp 01 bản chính. Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục kiểm tra thanh khoản số tiền thuế được hoàn thuế, không thu thuế và đóng dấu hàng hoá được xét hoàn thuế, không thu thuế lên bản gốc tờ khai hải quan do người nộp thuế nộp, sao lại tờ khai hải quan gốc đã thanh khoản, hoàn thuế để trả lại tờ khai hải quan gốc cho người nộp thuế và lưu bản sao tờ khai vào bộ hồ sơ hoàn thuế lưu tại đơn vị.

Về chứng từ thanh toán qua ngân hàng:

Đối với các trường hợp phải nộp chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau nhưng khi nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế, doanh nghiệp chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng, thì cơ quan Hải quan có trách nhiệm phối hợp với cơ quan thuế nơi quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra sổ sách, chứng từ kế toán, phiếu nhập/xuất kho, thẻ kho; trường hợp cần thiết thì thực hiện kiểm tra, xác minh, đối chiếu thêm các giao dịch kinh doanh của người nộp thuế với các tổ chức, cá nhân có liên quan.

Việc kiểm tra phải thực hiện xong trong thời gian tối đa không quá 15 ngày kể từ ngày nhận hồ sơ. Kết quả kiểm tra xác định hàng hoá đã thực tái XK, mọi chứng từ liên quan phù hợp thì xử lý thanh khoản, hoàn thuế cho DN.

Trong thời gian chờ kiểm tra xác định, người nộp thuế được áp dụng thời hạn nộp thuế của người nộp thuế đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a khoản 4 điều 42 Luật Quản lý thuế và tạm thời chưa áp dụng các biện pháp cưỡng chế quy định tại Điều 93 Luật Quản lý thuế nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau: Người nộp thuế chỉ còn nợ tiền thuế của số nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất hàng hóa xuất khẩu đã nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế cho cơ quan Hải quan nhưng còn thiếu chứng từ thanh toán qua ngân hàng; Người nộp thuế có văn bản cam kết thực hiện quyết định cuối cùng của cơ quan Hải quan.

Trường hợp kết quả kiểm tra, xác minh, đối chiếu các giao dịch kinh doanh có liên quan mà xác định hàng hoá không được thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế, người nộp thuế sẽ không được áp dụng thời hạn nộp thuế của người nộp thuế đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a khoản 4 điều 42 Luật Quản lý thuế và bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế theo đúng quy định tại Điều 93 Luật Quản lý thuế.