Ngày 02/11/2010, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 172/2010/TT-BTC hướng dẫn mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng lệ phí trong lĩnh vực hải quan.

Theo đó, đối tượng nộp lệ phí trong lĩnh vực hải quan bao gồm: các tổ chức, cá nhân có hành lý, hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh được cơ quan hải quan thực hiện các công việc về hải quan có thu lệ phí theo quy định tại Thông tư này .

Các trường hợp không thu lệ phí hải quan gồm: Hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân và cá nhân; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người; hàng bưu phẩm, bưu kiện được miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật hiện hành;

Thông tư cũng quy định: hàng năm, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố tổng hợp từ các đơn vị trực tiếp thu lệ phí và thực hiện lập dự toán số thu từ lệ phí hải quan và nhu cầu chi đảm bảo thực hiện nhiệm vụ, tổng hợp chung trong dự toán thu, chi ngân sách nhà nước năm của đơn vị và gửi lên Tổng cục Hải quan để thẩm định và tổng hợp chung trong dự toán thu, chi ngân sách nhà nước năm của Tổng cục Hải quan gửi Bộ Tài chính.

Toàn bộ số thu, chi lệ phí hải quan được hạch toán theo quy định của Mục lục ngân sách nhà nước. Quyết toán thu, chi lệ phí hải quan hàng năm được lập cùng với báo cáo quyết toán ngân sách năm gửi cơ quan cấp trên theo quy định. Đối với số tiền lệ phí hải quan không sử dụng hết trong năm được chuyển sang năm sau tiếp tục sử dụng để đầu tư, tăng cường cơ sở vật chất, hiện đại hoá ngành Hải quan.

Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2011 và thay thế Thông tư số 43/2009/TT-BTC ngày 09/3/2009 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực hải quan.