Theo dự thảo thông tư, việc kiểm tra hải quan đối với hàng hóa XNK, quá cảnh thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro, trên cơ sở kết quả phân tích thông tin, đánh giá quá trình chấp hành pháp luật của người khai hải quan, người nộp thuế và có ưu tiên đối với chủ hàng chấp hành tốt pháp luật về hải quan.

Điều này thể hiện rõ trong khái niệm "chủ hàng chấp hành tốt pháp luật" là các chủ hàng trong 1 năm trước thời điểm mở tờ khai không bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế, khai sai dẫn đến thiếu thuế với mức xử phạt từ 20 triệu đồng trở lên, không nợ thuế quá hạn quá 90 ngày và thực hiện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ. Ngược lại, hàng hóa của các chủ hàng mà trong 1 năm tính đến ngày đăng ký tờ khai XNK nếu đã nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan, đã ba lần bị xử lý vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế, gian lận thuế, hoặc vi phạm các quy định về quản lý XNK thì phải áp dụng mức độ kiểm tra quy định tại điểm b khoản 2 Điều 11 Nghị định 154/2005/NĐ-CP thì phải chịu kiểm tra thực tế toàn bộ lô hàng.

Dự thảo thông tư cũng liệt kê chi tiết 12 loại hình hàng hóa bao gồm hàng hóa XNK theo hợp đồng ngoại, hàng tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu, nguyên liệu để sản xuất hàng XK, nguyên liệu gia công theo hợp đồng, hàng để thực hiện các dự án đầu tư, hàng hoá XNK bằng đường bộ (không theo thông lệ buôn bán quốc tế), hàng hoá XNK nhằm mục đích thương mại của tổ chức và cá nhân, của DN chế xuất, hàng hoá đưa vào, ra kho ngoại quan, kho bảo thuế... Ngoài ra, nội dung dự thảo còn bao gồm các quy định chi tiết các thủ tục trong qua trình XNK như: xem hàng hoá trước khi khai hải quan, thủ tục xét miễn thuế NK, quy trình xử lý hồ sơ khai bổ sung, thủ tục thay tờ khai hải quan, kiểm tra hải quan trong quá trình làm thủ tục hải quan...

Mong muốn của ngành Hải quan là các thủ tục được xây dựng với khuynh hướng đơn giản hóa rõ rệt. Điều này sẽ tạo thuận lợi cho quá trình XNK hàng hóa của DN cũng như công tác quản lý, giám sát của cơ quan Hải quan. Quan trọng hơn nữa là các DN hiểu rõ hơn quy định áp dụng với hàng hóa của họ, đồng thời còn tạo khả năng giám sát việc áp dụng quy trình thực hiện của các cán bộ Hải quan.