Tại điểm c, khoản 12, Điều 5 Nghị định số 164/2003/NĐ-CP của Chính phủ ngày 22/12/2003 quy định: Thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ do kê khai chậm so với thời gian quy định được trừ để tính thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.
Căn cứ vào các quy định trên đây các Cục thuế hướng dẫn và giải quyết như sau: đối với các hoá đơn GTGT và chứng từ nộp thuế GTGT kê khai chậm quá 3 tháng không được kê khai khấu trừ số thuế GTGT này vào số thuế GTGT phải nộp.
Số thuế GTGT không được khấu trừ do kê khai chậm quá 3 tháng doanh nghiệp được hạch toán vào chi phí hợp lý để tính thu nhập chịu thuế TNDN.
Nguồn:Hải quan Việt Nam