Theo dự thảo Thông tư của Bộ Tài chính quy định việc quản lý, sử dụng chi phí trong quá trình lựa chọn nhà thầu các dự án sử dụng vốn ngân sách Nhà nước và vốn trái phiếu Chính phủ, có 7 khoản chi phí trong quá trình lựa chọn nhà thầu.

7 khoản chi phí trong quá trình lựa chọn nhà thầu gồm: Chi phí lập hồ sơ mời quan tâm, hồ sơ mời sơ tuyển; chi phí lập hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu; chi phí thẩm tra hồ sơ mời quan tâm, hồ sơ mời sơ tuyển; chi phí thẩm tra hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu; chi phí đánh giá hồ sơ quan tâm, hồ sơ dự sơ tuyển; chi phí đánh giá hồ sơ dự thầu, hồ sơ đề xuất; chi phí thẩm tra kết quả lựa chọn nhà thầu.

Về bán hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu, dự thảo nêu rõ, căn cứ quy mô, tính chất của gói thầu, chủ đầu tư quyết định mức giá bán một bộ hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu đối với đấu thầu trong nước nhưng tối đa là  2 triệu đồng đối với hồ sơ mời thầu và 1 triệu đồng đối với hồ sơ yêu cầu. Đối với đấu thầu quốc tế, mức giá bán theo thông lệ đấu thầu quốc tế.

Dự thảo Thông tư cũng quy định rõ về chi phí cho Hội đồng tư vấn giải quyết kiến nghị của nhà thầu về kết quả lựa chọn nhà thầu. Trong trường hợp nhà thầu có kiến nghị về kết quả nhà thầu do người có thẩm quyền giải quyết, chi phí giải quyết kiến nghị của nhà thầu về kết quả lựa chọn nhà thầu được nhà thầu có kiến nghị nộp cho bộ phận thường trực giúp việc của Hội đồng tư vấn theo phân cấp quy định tại Khoản 1 Điều 119 Nghị định số 63/2014/NĐ-CP.

Chi phí cho Hội đồng tư vấn giải quyết kiến nghị của nhà thầu về kết quả lựa chọn nhà thầu là 0,02% giá dự thầu của nhà thầu có kiến nghị nhưng tối thiểu là 1 triệu đồng và tối đa là 50 triệu đồng.

Căn cứ vào quy mô, tính chất của gói thầu, bộ phận thường trực giúp việc của Hội đồng tư vấn lập dự toán xác định mức chi phí cho Hội đồng tư vấn giải quyết kiến nghị của nhà thầu về kết quả lựa chọn nhà thầu theo từng vụ việc, trình Chủ tịch Hội đồng tư vấn phê duyệt. Bộ phận thường trực giúp việc chịu trách nhiệm chi phí cho Hội đồng tư vấn giải quyết kiến nghị của nhà thầu theo dự toán được duyệt.

Kết thúc vụ việc, phần chênh lệch thu lớn hơn chi (nếu có) được hoàn trả cho nhà thầu có kiến nghị.

Trường hợp kiến nghị của nhà thầu được kết luận là đúng, phải nêu rõ biện pháp, cách thức và thời gian để khắc phục hậu quả (nếu có), đồng thời Bộ phận thường trực giúp việc có trách nhiệm yêu cầu các tổ chức, cá nhân có trách nhiệm liên đới chi trả cho nhà thầu có kiến nghị số tiền bằng số tiền mà nhà thầu có kiến nghị đã nộp cho Hội đồng tư vấn.

Trường hợp cơ quan, tổ chức có trách nhiệm liên đới không chi trả cho nhà thầu, nhà thầu có quyền khởi kiện ra tòa án để giải quyết.