Mục tiêu tổng quát của Quy hoạch là gia tăng diện tích, phục hồi, đảm bảo tính toàn vẹn và kết nối các hệ sinh thái tự nhiên; quản lý và bảo tồn hiệu quả các loài hoang dã, các nguồn gen quý hiếm; xây dựng và phát triển hệ thống khu bảo tồn thiên nhiên, hành lang đa dạng sinh học, cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học, khu vực đa dạng sinh học cao, cảnh quan sinh thái quan trọng, vùng đất ngập nước quan trọng góp phần ứng phó với biến đổi khí hậu và phát triển bền vững đất nước.

Quy hoạch đặt mục tiêu cụ thể là mở rộng, nâng cấp và nâng cao hiệu quả quản lý hệ thống khu bảo tồn thiên nhiên; chuyển tiếp 178 khu bảo tồn hiện có (trong đó chuyển hạng 07, mở rộng 27 khu bảo tồn); thành lập mới 61 khu bảo tồn; nâng tổng diện tích hệ thống khu bảo tồn trên phạm vi toàn quốc khoảng 6,6 triệu ha.

Củng cố và phát triển hệ thống cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học, hành lang đa dạng sinh học, vùng đất ngập nước quan trọng; chuyển tiếp 13 cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học hiện có, cấp giấy chứng nhận 09 cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học; chuyển tiếp 03 hành lang đa dạng sinh học hiện có, hình thành 07 hành lang đa dạng sinh học; hình thành 10 vùng đất ngập nước quan trọng cấp quốc gia.

Đồng thời, hình thành hệ thống khu vực đa dạng sinh học cao, cảnh quan sinh thái quan trọng gồm 22 khu vực đa dạng sinh học cao với tổng diện tích khoảng 2 triệu ha, 10 cảnh quan sinh thái quan trọng với tổng diện tích khoảng 4 triệu ha.

Tầm nhìn đến năm 2050, các hệ sinh thái tự nhiên quan trọng, các loài nguy cấp, quý, hiếm, các nguồn gen có giá trị bảo tồn được phục hồi, bảo tồn hiệu quả; đa dạng sinh học và dịch vụ hệ sinh thái được lượng giá, sử dụng bền vững và mang lại lợi ích thiết yếu trong phát triển kinh tế xã hội, góp phần bảo đảm an ninh môi trường, chủ động ứng phó với biến đổi khí hậu, phát triển bền vững đất nước...

Định hướng Quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học thời kỳ 2021 - 2030 theo 08 vùng sinh thái trên phạm vi cả nước gồm: Vùng Đông Bắc; vùng Tây Bắc; vùng đồng bằng sông Hồng; vùng Bắc Trung Bộ; vùng Nam Trung Bộ; vùng Tây Nguyên; vùng Đông Nam Bộ; vùng đồng bằng sông Cửu Long.

Quyết định đưa ra 8 giải pháp thực hiện Quy hoạch gồm giải pháp về: cơ chế, chính sách; đào tạo, tăng cường năng lực; tài chính, đầu tư; tuyên truyền, nâng cao nhận thức cộng đồng; hợp tác quốc tế; tổ chức thực hiện và giám sát thực hiện quy hoạch.

Trong đó, thực hiện đẩy mạnh nghiên cứu khoa học về bảo tồn và sử dụng bền vững đa dạng sinh học; tập trung các nghiên cứu ứng dụng phát triển các mô hình gây nuôi và tái thả các loài hoang dã vào tự nhiên; bảo tồn các loài đặc hữu, nguy cấp, ngăn chặn sự suy thoái của các loài có nguy cơ bị tuyệt chủng ngoài tự nhiên; các mô hình du lịch sinh thái hiệu quả; phát triển, tiếp nhận chuyển giao công nghệ mới về bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học.

Tăng cường áp dụng công nghệ viễn thám và hệ thống thông tin địa lý (GIS) trong việc lập và giám sát thực hiện quy hoạch, giám sát các đối tượng của quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học; xây dựng mô hình cộng đồng tham gia bảo tồn đa dạng sinh học, nhân rộng những điển hình tiên tiến.

Tăng cường tuyên truyền, phổ biến pháp luật về bảo tồn đa dạng sinh học nhằm nâng cao năng lực, trách nhiệm cho mọi tổ chức, các nhân, đặc biệt là các cán bộ quản lý, cộng đồng dân cư sống trong và xung quanh các khu vực đa dạng sinh học cao, khu cảnh quan sinh thái quan trọng...